Метод мультиплексной полимеразной цепной реакции для диагностики вирусной кишечной инфекции неуточненной
https://doi.org/10.58708/2074-2088.2023-2(30)-69-73
Аннотация
Острая кишечная инфекция (ОКИ) может быть вызвана широким кругом вирусных патогенов. Детекция доминирующих возбудителей (норо-, рота-, адено-, энтеровирусов) позволяет установить этиологию 40-60% случаев ОКИ. Для увеличения доли их этиологической расшифровки целесообразно проводить исследования в отношении минорных кишечных вирусов. В настоящей статье представлен разработанный нами метод мультиплексной полимеразной цепной реакции для диагностики вирусной кишечной инфекции неуточненной. Он позволяет детектировать генетический материал астро-, сапо-, парэхо-, бока-, пикобирна- и аичи вирусов в биологическом материале (фекалии). Апробация метода позволила детектировать присутствие данных возбудителей у 4,89% пациентов с ОКИ, в биологическом материале которых отсутствовали доминирующие кишечные вирусы.
При поддержке: ГНТП «Научно-техническое обеспечение качества и доступности медицинских услуг», 2021-2025 годы подпрограмма «Геномные технологии и инфекционная безопасность» по заданию 01.15 «Разработать и внедрить алгоритм генодиагностики кишечных вирусных инфекций, формирующих группу ОКИ неустановленной этиологии»
Об авторах
Н. В. Поклонская
ГУ «РНПЦ эпидемиологии и микробиологии»
Беларусь
Беларусь
Ведущий научный сотрудник
г. Минск
Ю. А. Шилова
ГУ «РНПЦ эпидемиологии и микробиологии»
Беларусь
Беларусь
младший научный сотрудник
г. Минск
Т. В. Амвросьева
ГУ «РНПЦ эпидемиологии и микробиологии»
Беларусь
Беларусь
д.м.н., профессор, зав. лабораторией инфекций с природным резервуаром
г. Минск
Список литературы
1. Agreement between gastrointestinal panel testing and standard microbiology methods for detecting pathogens in suspected infectious gastroenteritis: Test evaluation and meta-analysis in the absence of a reference standard / K. Freeman [et al.] // PLoS ONE. – 2017. – Vol. 12, № 3. – P. e0173196.
2. Multiplex tests to identify gastrointestinal bacteria, viruses and parasites in people with suspected infectious gastroenteritis: a systematic review and economic analysis / K. Freeman [et al.] // Health Technol Assess. – 2017. – Vol. 21, № 23. – P. 1-188.
3. Oude Munnink, B. Viruses Causing Gastroenteritis: The Known, The New and Those Beyond / B. Oude Munnink, L. Van Der Hoek // Viruses. – 2016. – Vol. 8, № 2. – P. 42.
4. Viral pathogens of acute gastroenteritis in Egyptian children: role of the parechovirus / M.E.- S. Mashaly [et al.] // BMC Infect Dis. – 2022. – Vol. 22, № 1. – P. 584.
5. Epidemiology of Classic and Novel Human Astrovirus: Gastroenteritis and Beyond / D.- L. Vu [et al.] // Viruses. – 2017. – Vol. 9, № 2. – P. 33. doi:10.3390/v9020033
6. Razizadeh, M.H. Global molecular prevalence and genotype distribution of Sapovirus in children with gastrointestinal complications: A systematic review and meta-analysis / M.H. Razizadeh, A. Khatami, M. Zarei // Rev Med Virol. – 2022. – Vol. 32, № 3. doi: 10.1002/rmv.2302
7. Human bocavirus genotypes 1, 2, and 3 circulating in pediatric patients with acute gastroenteritis in Chiang Mai, Thailand, 2012-2018 / N. Nantachit [et al.] // Journal of Infection and Public Health. – 2021. – Vol. 14, № 2. – P. 179-186.
8. Rivadulla, E. Epidemiology of Aichi virus in fecal samples from outpatients with acute gastroenteritis in North-western Spain / E. Rivadulla, M.F. Varela, J.L. Romalde // Journal of Clinical Virology. – 2019. – Vol. 118 – P. 14-19.
9. Taghinejad, M. High Frequency of Aichivirus in Children With Acute Gastroenteritis in Iran / M. Taghinejad, M. Ghaderi, S.D. Mousavi-Nasab // Pediatric Infectious Disease Journal. – 2020. – Vol. 39, № 7. – P. 576-579.
10. Cloning of Human Picobirnavirus Genomic Segments and Development of an RT-PCR Detection Assay / B.I. Rosen [et al.] // Virology. – 2000. – Vol. 277, № 2. – P. 316-329.
11. Kashnikov, A.Yu. On the nature of picobirnaviruses / A.Yu. Kashnikov, N.V. Epifanova, N.A. Novikova // Vestn. VOGiS. – 2023. – Vol. 27, № 3. – P. 264-275.
12. Wang, D. The enigma of picobirnaviruses: viruses of animals, fungi, or bacteria? / D. Wang // Current Opinion in Virology. – 2022. – Vol. 54 – P. 101232.
13. Basic local alignment search tool / S. Altschul [et al.] // Journal of Molecular Biology – 1990. – 215(3) – P. 403-410
14. Development of a Reverse Transcription-Quantitative PCR System for Detection and Genotyping of Aichi Viruses in Clinical and Environmental Samples / M. Kitajima [et al.] // Appl Environ Microbiol. – 2013. – Vol. 79, № 13. – P. 3952-3958.
15. The development of a multiplex real-time RT-PCR for the detection of adenovirus, astrovirus, rotavirus and sapovirus from stool samples. / S. Bennett, R.N. Gunson // J. Virol. Methods. – 2017 – Vol. 242 – P. 30-34
16. Real-time reverse transcription PCR detection of norovirus, sapovirus and astrovirus as causative agents of acute viral gastroenteritis. / C. Logan, J.J. O’Leary, N. O’Sullivan // J. Virol. Methods. – 2007 – Vol. 146(1-2) – P. 36-44.
Дополнительные файлы
Рецензия
Для цитирования:
Поклонская Н.В., Шилова Ю.А., Амвросьева Т.В. Метод мультиплексной полимеразной цепной реакции для диагностики вирусной кишечной инфекции неуточненной. Медико-биологические проблемы жизнедеятельности. 2023;(2):69-73. https://doi.org/10.58708/2074-2088.2023-2(30)-69-73
For citation:
Paklonskaya N.V., Shilova Yu.A., Amvrosieva T.V. Multiplex polymerase chain reaction method for the diagnosis of unspecified viral acute gastroenteritis. Medical and Biological Problems of Life Activity. 2023;(2):69-73. (In Russ.) https://doi.org/10.58708/2074-2088.2023-2(30)-69-73
Просмотров: 168
Послать статью по эл. почте 