Changes in the microbial landscape and antimicrobial resistance in patients of an infectious disease hospital during the COVID-19 pandemic

The aim of the study was to assess changes in the microbial landscape in patients of an infectious disease hospital during the pre-pandemic and pandemic periods, taking into account the respiratory tract, sterile sites, and gastrointestinal tract, as well as to trace the dynamics of antimicrobial resistance of key clinically significant pathogens. A retrospective-prospective analysis of microbiological studies performed in 2019–2024 was conducted. Clinically significant isolates recovered from respiratory samples, blood, cerebrospinal fluid, and intestinal contents were studied. The dynamics of antimicrobial resistance of the main nosocomial pathogens were analyzed separately. The COVID–19 pandemic was accompanied by a significant restructuring of the microbial landscape. In the respiratory tract, the proportion of gram-negative hospital pathogens, primarily Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, and Pseudomonas aeruginosa, increased. In the intestinal biotope, a statistically significant decrease in pathogenic enterobacteria was observed, with a simultaneous increase in opportunistic and hospital flora. In sterile sites, a marked increase in the number of isolates was noted, mainly due to K. pneumoniae, Escherichia coli, and A. baumannii. At the same time, a deterioration in antimicrobial resistance profiles was observed, including an increase in carbapenem resistance of A. baumannii, the emergence of colistin–resistant K. pneumoniae, MRSA, and VRE. The obtained data substantiate the need for regular microbiological monitoring, local antimicrobial resistance audits, and revision of empirical antibacterial therapy regimens.

1. Анисько, Л. А. Проблема применения антибактериальных препаратов в эпоху инфекции COVID-19 / Л. А. Анисько // Лабораторная диагностика. Восточная Европа. – 2022. – Т. 11, № 1. – С. 22–29.

2. Antibiotic prescribing in patients with COVID-19: rapid review and meta-analysis / B. J. Langford [et al.] // Clinical Microbiology and Infection. – 2021. – Vol. 27, No. 4. – P. 520–531.

3. Характеристика бактериальных возбудителей у пациентов с COVID-19 по данным бактериологического исследования крови на стерильность / Е. А. Сильванович [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2023. – Т. 25, прил. 1. – С. 52–53.

4. The epidemiology, virulence and antimicrobial resistance of invasive Klebsiella pneumoniae in a children’s medical center in Eastern China / L. Yang [et al.] // Infection and Drug Resistance. – 2021. – Vol. 14. – P. 3737–3752.

5. Динамика антибиотикорезистентности клинических изолятов Klebsiella pneumoniae, выделенных от пациентов с вторичной бактериальной инфекцией при COVID-19 за период 2019–2021 гг. / В. В. Буткевич [и др.] // Медицинский журнал. – 2023. – № 4. – С. 49–57.

6. Проблема резистентности штаммов Acinetobacter baumannii к антибиотикам у пациентов с COVID-19 / В. В. Буткевич [и др.] // БГМУ в авангарде медицинской науки и практики : рецензир. ежегод. сб. науч. тр. – 2023. – Вып. 13, Т. 2. – С. 138–142.

7. Особенности микробного пейзажа группы кишечных бактерий у пациентов с коронавирусной инфекцией SARS-CoV-2 / Л. А. Анисько [и др.] // Клиническая инфектология и паразитология. – 2022. – Т. 11, № 3. – С. 229–234.

8. Антибиотикорезистентность возбудителей бактериальной инфекции у умерших пациентов с COVID-19 за 2020–2021 гг. / В. В. Буткевич [и др.] // Материалы IX Всероссийской междисциплинарной научно-практической конференции с международным участием «Социально значимые и особо опасные инфекционные заболевания». – Краснодар, 2022. – С. 35–36.

9. Спектр бактериальных возбудителей и факторы риска, приводящие к развитию бактериемии у пациентов с COVID-19, госпитализированных в УЗ «Городская клиническая инфекционная больница» г. Минска / Е. А. Сильванович [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2025. – Т. 27, прил. 1. – С. 53–54.